Главной задачей организации является осуществление государственного надзора за соблюдением республиканскими органами государственного управления, юридическими и физическими лицами, индивидуальными предпринимателями законодательных и иных правовых актов по вопросам семеноводства, карантина и защиты растений, охрана территории Республики Беларусь от проникновения и распространения карантинных и других опасных вредных организмов, оценка фитосанитарного состояния сельхозугодий, разработка прогнозов распространения и развития вредителей, болезней растений и сорняков, анализ качества и остаточных количеств пестицидов, нитратов и радионуклидов в продукции растениеводства, регистрация химических и биологических средств защиты растений и многое другое.